1．靶细胞选择
转基因治疗中的靶细胞选用应该是在体内能保持相当长的寿命或者具有分裂能力的细胞，这样才能使被转入的基因能有效地、长期地发挥“治疗”作用。因此干细胞、前体细胞都是理想的转基因治疗靶细胞。以目前的观点看，骨髓细胞是唯一满足以上标准的靶细胞，而骨髓的抽取，体外培养、再植入等所涉及的技术都已成熟；另一方面，骨髓细胞还构成了许多组织细胞(如单核巨噬细胞)的前体。因此，不仅一些涉及血液系统的疾病如ADA缺乏症、珠蛋白生成障碍性贫血、镰状细胞贫血、CGD等以骨髓细胞作为靶细胞，而且一些非血液系统疾病如苯丙酮尿症、溶酶体储积病等也都以此作为靶细胞。除了骨髓以外，肝细胞、神经细胞、内皮细胞、肌细胞也可作为靶细胞来研究或实施转基因治疗。
2．载体选择
目前用于转基因的载体有许多，最常用的有质粒、病毒载体。在选择载体时，需要考虑的是载体对机体的毒性、载体所携带的转录启动子启动转录的效率、载体对靶细胞的转染效率等。为了能够携带一些较大的基因(如DNA基因)，近年来也探索了一些用较大的质粒(如人工酵母染色体—YAC)来实现大片段基因的转染。此外，还有磷酸钙沉淀法、脂质体转染法、显微注射法等非病毒方法。
3．目的基因的表达
目的基因的表达是基因治疗的关键之一。为此，可运用基因扩增等方法适当提高外源基因在细胞中的拷贝数。在重组病毒上连接启动子或增强子等基因表达的控制信号，使整合在宿主基因组中的新基因高效表达，产生所需的某种蛋白质。
4．转基因过程中注意事项
转基因过程中应注意：①必须考虑到被转基因在靶细胞中具有适当的表达效率。尽管在某些遗传病，正常基因2％一5％的表达量就可能不会发病，但像珠蛋白生成障碍性贫血等疾病则需要较高的表达水平。②被转基因的表达必须受到严格的调控，做到这一点虽然很难，但在某些疾病，过少的基因表达不能达到治疗目的，而过多的表达又会引起不良反应，因此，这就需要严格的体外试验和动物试验。③大片段基因的转染以及不分裂细胞的转染都需要特别的考虑，否则难以达到预期效果。
