藻红蛋白或称藻胆色素蛋白，存在于被称为藻红的多聚微粒中，位于叶绿素的反应中心，在自然结构中，藻红蛋白吸收光能，吸收后转化成能量，供其发育生长。当藻红蛋白被分离和纯化后，其蛋白质变得具有很强的荧光，能吸收不同波长的光，发出亮红色的荧光，此时不再接受任何外来的光，也不能转移光能。
藻红蛋白利用共价键结合的形式与免疫球蛋白结合，形成稳定的复合物。应用其复合物进行免疫荧光组化染色，进行定量和定性分析。也可以应用藻红蛋白抗体结合物进行免疫荧光的双重或多重染色，尤其是藻红蛋白的亚型可以发射不同波长的荧光，例如PE的发射波长为520～570nm，吸收光谱为490—510nm，正好与FITC处于同一吸收和发射波长上。利用这一特点进行双重标记，在荧光显微镜，可同时观察到代表二种抗原成分的不同颜色(亮绿色和橘红色)，大大简化了免疫荧光的双标方法。当然还可以和其他荧光素、胶体金结合进行免疫荧光或流式细胞仪的三重以上标记。标记方法如下。
1．巯基化藻红蛋白(phycocrthrin，PE)的制备
将600ul的15．5mg／ml盐酸巯醇亚胺(iminothiolane hydrochloride)加到1．2ml的3．6mg／ml的PE中，和1．2ml PB(0．02mol／L，pH6．8)混合，装入透析袋，置入50mmol／LPB(pH6．8)中透析，4℃过夜，再换用pH7．5 PB透析6h。每个PE分子中可结合8个巯基。
2．PE-IgG制备
异型双功能试剂SPDP[N-succinimclyl—3—(2—pyridyldithio)propionate，N—琥珀酰—3—(2—吡啶基二硫)丙酸酯]30t~g(1．1mg／m1)的乙醇溶液，加入700~1的4．2mg／ml lgG PB溶液(50mol／L，pH7．5)，在室温中反应2．5h。再加入巯基化PE400~i(1．7mg／m1)于500~1反应混合液中，室温反应12h，加入100ul的50mmol／L碘乙酸钠封闭残余巯基，4℃，用PB透析过夜。加入0．0l％NaNa，分装，4℃保存备用(半年)。
3．PE-标记蛋白A方法
(1)取4．08mgPE溶于0．1mol／LPB(pH7．4)(含0．1mol／LNaCi)lml中，溶解后，取出0．5ml，再加入10ul SPDP无水甲醇液(2．6mg／mi)，SPDP／蛋白摩尔比为10，22℃反应5min，以1*17cm SephadexG—50柱层析用100mmol／l(pH7．4)PBS平衡和洗脱。
(2)0．5ml蛋白浓度为2mg／m1的100mmol／L PBS(含有100mmol／L NaCl，pH7．4)中加入2．6／il上述SPDP甲醇液，SPDP：蛋白摩尔比为9．5，22~C保持40min，加入25／umol／L二硫苏糖醇(DTT，pH7．4)缓冲液，22℃保持25rain，同上过Sephadex G-25柱，收集蛋白A峰。
(3)取0．77mg／m1的PE和0．27mg／m1蛋白A等量混合，22℃反应6h，混合物4℃保存备用。以上两种PE标记制品，可最后溶于0．01mol／L(pH7．4)PB(含有0．1mol／LEDTA、lmol／L碘乙胺、1％BAS和0．1％NaNa)，0—5℃保存。
